根據廟方記載，開基主神關聖帝君原奉祀於大陸福建省南安縣，1661年由先民李成追隨鄭成功渡海攜奉來台，起初供於李成位於將軍區家中，因神威顯赫，信徒選擇位於現今將軍區公所旁建廟，供各地信徒朝拜。
1757年，信徒林嚴等人再發起原地重建，增祀關平太子、周倉將軍、馬使爺、虎爺等神像，並增建後殿奉祀觀音佛祖、韋馱護法和福德正神等，眾神濟濟一堂，成為地方信仰中心，歷經修建，現有寺廟規模在1993年完成。
台灣1895年割讓給日本後，當年主持廟事的林崑岡以文衡殿為抗日基地，聯絡各地抗日志士，齊聚廟前廣場祭拜天地，誓死保衛家園，後帶領北門區抗日志士，於學甲區竹篙山與日軍對峙激戰，但因武器簡陋，壯烈成仁。
後經前台南縣長蘇煥智等人協助，目前在文衡殿後殿2樓闢有林崑岡紀念館，展示當年抗日事蹟與使用兵器，後殿3樓有「關聖帝君文物館」，常態性展出關聖帝君生平事蹟和相關文物，還有籤筒、神轎、神冠等古文物。
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